circMir

使用说明:

1、采用的预测程序

(1)miRanda 2010 Release (http://www.microrna.org/microrna/getDownloads.do)

(2)RNAhybrid-2.1.2 (https://bibiserv.cebitec.uni-bielefeld.de/rnahybrid/)

2、包含的物种

目前包含人(hsa)和小鼠(mmu)的circRNA和miRNA的数据。

3circRNAs的输入

图1

circRNAs的输入有以下两种方法:

(1)在①处输入circBase数据库circRNA的编号。程序会根据输入的circRNA编号自动调用序列,对检索不到的circRNA会用红字标出(如图1所示)。

(2)将circRNAs名称和序列存为Fasta格式的文件(图2),点击②处按钮浏览并选择Fasta格式的文件。需要注意的是“>”后面的circRNA名称不能超过50个字符,否则结果会不准确。

图2

4miRNAs的输入

miRNAs的输入有以下三种方法:

(1)在③处的下拉框选择物种,程序会列出miRbase Release 21中该物种所有的成熟miRNAs名称,您可以只选择其中一个miRNA或通过选择“ALL”来选定该物种所有的miRNAs。

(2)在④处输入miRNAs编号。程序会根据输入的miRNAs编号自动调用序列,对检索不到的miRNAs会用红字标出(如图1所示)。

(3)将miRNAs名称和序列存为Fasta格式的文件,点击⑤的按钮浏览并选择Fasta格式的文件。与circRNAs一样,“>”后面的miRNAs名称不能超过50个字符,否则结果会不准确。

5、运行程序

完成上述步骤,点击按钮“GO”,程序会逐步完成序列调用、预测、数据读取、结果导出和图形化显示。视输入的circRNAs和miRNAs数量的不同,预测时间也会有较大差异,circRNAs数量与miRNAs数量的乘积最好不要超过1万,否则会运行较长时间

程序运行结束后,会自动打开写入了结果的Excel表格,您可以“另存”或直接关闭然后在程序根目录中找名为“miRanda_RNAhybrid+时间数字.xlsx” Excel。Excel表中的数据是miRanda和RNAhybrid 两软件的交集。当miRNA与circRNA的结合位点位于circRNA剪切点时,软件会用红色字体标注该预测结果(图3)。

图3

6、图形化显示circRNA结合的miRNAs

程序运行结束后,⑥处会图形化显示circRNA结合的miRNAs,您可以通过⑥下拉框更改图形显示的参数(图1)。

7、结果导出

在绘图区单击右键(图4),即可出现导出菜单。如果只导出miRanda的预测结果则单击“Export miRanda results”;如果只导出RNAhybrid的预测结果则单击“Export RNAhybrid results”;如果要导出预测结果的列表则单击“Export Interactions”,导出Excel包含三个sheet页面,分别是miRanda和RNAhybrid软件的结果和两者的交集,导出的结果可以利用cytoscap制作网络图。

图4 结果导出菜单

 

下载链接:点击下载

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